defter*
defter / katalog / NSC 672

NSC 672 Applied Magnetic Resonance Imaging for Neuroscience

This is a hands-on graduate course in functional MRI for neuroscience research, built around the full pipeline from experiment design to interpretation: how the hemodynamic signal is generated, how to design a paradigm that isolates it, and how to actually analyze the resulting data. You'll spend the semester running real preprocessing in native and MNI space, fitting GLMs with proper contrasts, doing second-level and ROI analyses, and finishing with multivariate methods (RSA/MVPA) on event-related data you collect yourselves, with BIDS, git, and reproducibility treated as non-negotiable. By the end you should be able to read fMRI papers critically and set up your own imaging study, which is essentially the entry ticket for thesis work in any cognitive or systems neuroscience lab at Bilkent.

Kredi 3 ECTS 5 Fakülte Disiplinlerarası Fakültesi Bölüm Sinirbilim Koordinatör Hüseyin Boyacı

→ STARS müfredatı (resmi syllabus)

NSC 672 dersinin ön koşulu var mı?

Bilkent kataloğunda bu ders için ön koşul yazılı değil.

NSC 672 dersinde hangi kitap okunuyor?

İzlencede zorunlu kitap: Functional Magnetic Resonance Imaging, Huettel, Song and McCarthy, Sinauer Associates, Inc. İzlence toplam 7 kaynak sayıyor.

NSC 672 kaç kredi?

3 Bilkent kredisi, 5 AKTS.

Haftalık müfredat 14 hafta

Hafta 114–20 Eyl
Ders içeriği ve işleyişinin belirlenmesi
Course introduction and class mechanics. Discussion of course content and structure, with adjustments made as needed to accommodate students’ research interests and needs.
class mechanicsders içeriğiöğrenci araştırma ilgileri
Hafta 221–27 Eyl
Araştırmada AI kullanımı ve MRI veri pratikleri
Tutorial on the principled use of Artificial Intelligence as a research aid, with emphasis on maintaining critical thinking, methodological rigor, and reproducibility while writing code. • Introduction to MRI data, BIDS convention, preprocessing theory • Discussion on good data practices. • Checking open datasets
AI as research aidMRI dataBIDS conventionpreprocessing
Hafta 328 Eyl – 4 Eki
Preprocessing, native space ve MNI space analizleri
Theoretical introduction and hands on to preprocessing, native space and MNI space analyses.
preprocessingnative spaceMNI spaceuygulamalı analiz
Hafta 45–11 Eki
Preprocessing ve uzay analizleri (devam)
Theoretical introduction and hands on to preprocessing, native space and MNI space analyses. (cont.)
preprocessingnative spaceMNI spaceuygulamalı analiz
Hafta 512–18 Eki
fMRI deney tasarımı ve veri toplama
Review of fMRI paradigm design basics, blocked designs, event-related designs • Tools for designing experiments (Psychopy, Psychtoolbox) • Discussing good experiment practices. • Data collection for a basic block design experiment • Using git for version control
fMRI paradigm designblocked designevent-related designPsychopy
Hafta 619–25 Eki
fMRI deney tasarımı ve veri toplama (devam)
Review of fMRI paradigm design basics, blocked designs, event-related designs • Tools for designing experiments (Psychopy, Psychtoolbox) • Discussing good experiment practices. • Data collection for a basic block design experiment • Using git for version control (cont.)
fMRI paradigm designPsychtoolboxveri toplamagit
Hafta 726 Eki – 1 Kas
Onset dosyası ve first level GLM analizi
Generating an onset (event) file for analysis. • Hands on to first level analyses, GLM analyses • Setting up contrasts
onset (event) filefirst level analysisGLMcontrast
Hafta 82–8 Kas
İkinci düzey analizler ve sonuç raporlama
Second level analyses, reporting results
second level analysisreporting results
Hafta 99–15 Kas
ROI, FIR ve parametric modulation analizleri
Region of Interest analyses • Finite impulse response analyses • Parametric modulation
region of interestfinite impulse responseparametric modulation
Hafta 1016–22 Kas
Event-Related Design ile Veri Toplama
Data collection for an event-related design paradigm
event-related designparadigmdata collection
Hafta 1123–29 Kas
Event-related design analizi ve sonuç raporlama
Analyses of the event-related design, Reporting results
event-related designreporting results
Hafta 1230 Kas – 6 Ara
Multivariate analiz kuramı: RSA ve MVPA
Multivariate analyses theory (RSA, MVPA)
multivariate analysisRSAMVPA
Hafta 137–13 Ara
Event-related design verisinde multivariate analiz
Multivariate analyses on the event-related design data collected.
multivariate analysisevent-related design
Hafta 1414–20 Ara
Event-related design verisinde multivariate analiz
Multivariate analyses on the event-related design data collected.
multivariate analysisevent-related design

Değerlendirme 100% · 3 adım

20%
60%
20%
In-class participation Class participation 20%
Homework Reading, coding and analysis assignments 60%
Project Project or exam 20%
en büyük tek kalem %60 nasıl hesaplanıyor
Notunu hesapla
KalemAğırlık Notun (100 üzerinden)
Class participation%20
Reading, coding and analysis assignments%60
Project or exam%20
Bildiğin notları gir; girmediklerin hesaba katılmaz.

Ağırlıklar NSC 672 izlencesinden. Hocanın bu dönemki dağılımı farklı olabilir; bağlayıcı olan ders izlencesidir. Harf notu sınırlarını hoca belirliyor, o yüzden hedefi sen giriyorsun. İzlencede FZ şartı var, sayfanın sonundaki kutuda.

Önerilen kaynaklar 7 kitap

📕
Zorunlu
Functional Magnetic Resonance Imaging, Huettel, Song and McCarthy, Sinauer Associates, Inc
📕
Zorunlu
Handbook of Functional MRI Data Analysis, Russell A. Poldrack, Jeanette A. Mumford, Thomas E. Nichols, Cambridge University Press
📕
Zorunlu
Statistical Analysis of fMRI Data, Gregory Ashby, The MIT Press
📖
Önerilen
The Basics of MRI
📖
Önerilen
mumfordbrainstats - YouTube
📖
Önerilen
Andrew Jahn - YouTube
📖
Önerilen
MVPA, FMRIF

Bu dersi alınca · 3 öğrenme çıktısı

Bilkent'in resmî syllabus'ünden. Sağdaki etiket o çıktının hangi değerlendirmeyle ölçüldüğünü söylüyor.

Ders notları · henüz yok

NSC 672 için defter ekibi henüz not yazmadı.

İlk dosyayı sen atarsan: not, slayt, geçmiş sınav, çözüm, cheat-sheet, ne varsa. defter ekibi öğrenci paylaşımlarından bu dersin notlarını yazar. Drive linki / PDF / ZIP, hepsi olur.

← katalog
Bu ders yıllardır açılmıyor. Katalogda duruyor ama kayıt sisteminde uzun süredir şubesi yok. En son 2021-2022 güz döneminde açılmış. Müfredattan kalkmış olabilir; bölüm sekreterliğine sormadan plan yapma. Açık dersler →

⚠️ FZ engelleyen şartlar

This course has no final exam

Hocalar 0 bu dönem · 1 geçmiş

Geçmişte ders veren (1 kişi)
Hüseyin Boyacı

Aynı koddan diğer dersler · katalogda 17 NSC dersi · tüm NSC dersleri →

NSC 546Computing for NeuroscienceNSC 591Pro-thesis Seminar INSC 599Neuroscience Master's ThesisNSC 612Selected Topics in Neuroscience INSC 613Selected Topics in Neuroscience IINSC 691Pro-thesis Seminar IINSC 699Neuroscience Ph.D. Dissertation