defter*
defter / katalog / MBG 418

MBG 418 Genomics

Genomics is where you stop thinking about single genes and start treating entire genomes as data, figuring out how to actually pull biological meaning out of the firehose of sequence reads that modern instruments produce. Most weeks pair a lecture on a sub-area (comparative, meta-, epi-, cancer, systems) with a hands-on lab in Galaxy, Ensembl, UCSC, GNOMAD, VEP, IGV, or cBioPortal, plus two midterms, lab quizzes, and a presentation. It sits downstream of molecular biology and biochemistry and is essentially the bridge into bioinformatics-heavy research, so anyone considering a thesis in MBG or a computational-biology track ends up leaning on these skills constantly.

Kredi 4 ECTS 6.5 Fakülte Fen Fakültesi Bölüm Moleküler Biyoloji ve Genetik Koordinatör İlyas Chachoua

MBG 418 zor mu?

Son 20 dönemde dersin ortalaması 3,30 (804 öğrencinin notu, 4,00 üzerinden), yani sınıf ortalaması B+ civarında. Zorluk hocaya ve şubeye göre değişir; ölçülebilir olan bu sayı. Diğer derslerle karşılaştır →

MBG 418 dersinde kaç midterm var, ağırlıkları ne?

İzlencede 1 midterm var, ağırlığı %42. Final %24. Kalan %34 dersin öteki kalemlerinde. Tam dağılım aşağıda.

MBG 418 dersinin ön koşulu var mı?

Bilkent kataloğunda bu ders için ön koşul yazılı değil.

MBG 418 dersinde hangi kitap okunuyor?

İzlencede zorunlu kitap: Weekly Lecture Notes, Ilyas Chachoua. İzlence toplam 4 kaynak sayıyor.

MBG 418 kaç kredi?

4 Bilkent kredisi, 6,5 AKTS.

Haftalık müfredat 14 hafta

Hafta 114–20 Eyl
Genomlar, genome browser ve veritabanları
Genomes, Genome Browsers, Databases, Syllabus; Lab1a: GNOMAD
genome browserdatabaseGNOMADLab1a
Hafta 221–27 Eyl
DNA/protein varyasyonu ve NGS teknolojileri
DNA/Protein variation and Next Generation Sequencing Technologies; LAB 1b: Ensembl Biomart
DNA/protein variationNext Generation SequencingEnsembl BiomartLAB 1b
Hafta 328 Eyl – 4 Eki
Next generation sequencing ve UCSC Genome Browser
Next Generation Sequencing Analysis Basics; LAB2a: UCSC Genome Browser Tracks and Galaxy Basics I
next generation sequencingUCSC Genome BrowserGalaxyLAB2a
Hafta 45–11 Eki
Genomlar, metagenomics ve Midterm 1
Prokaryotic, Viral and Eukaryotic Genomes, Metagenomics; MIDTERM 1 (in class 50 mins); LAB2b: Galaxy Basics II
prokaryotic genomeeukaryotic genomemetagenomicsGalaxy
Hafta 512–18 Eki
Metagenomics analizi I: 16S veri işleme
Metagenomics Analysis I; LAB3a: Metagenomics 16S fastq paired end data and quality control and data processing
16Spaired-end fastqquality controlLAB3a
Hafta 619–25 Eki
Metagenomics analizi II: clustering ve visualization
Metagenomics Analysis II: LAB3b: metagenomics analysis clustering and visualization
clusteringvisualizationLAB3b
Hafta 726 Eki – 1 Kas
Comparative genomics ve NGS lab
Comparative Genomics/Transcriptomics; Spring Break; LAB4a: NGS I in galaxy;
comparative genomicstranscriptomicsNGSGalaxy
Hafta 82–8 Kas
İnsan Genomu Varyasyonu ve GWAS
Human Genome Variation GWAS; MIDTERM 2-3 in class (100 mins); LAB4b: NGS II in galaxy
human genome variationGWASNGSGalaxy
Hafta 99–15 Kas
Cancer Genomics ve GWAS Catalog Lab
Cancer Genomics; LAB5a: GWAS Catalog and VEP; LAB QUIZ 1 (labs 1-3); LAB 4c: NGS III
cancer genomicsGWAS CatalogVEPNGS
Hafta 1016–22 Kas
Epigenomics, cistrome ve LAB5 uygulaması
Epigenomics and Cistrome; LAB5: VEP and IGV
epigenomicscistromeVEPIGV
Hafta 1123–29 Kas
Systems biology ve TCGA veri analizi (LAB6)
Systems Biology; LAB6: The Cancer Genome Atlas TCGA cbioportal.org
systems biologyThe Cancer Genome Atlas (TCGA)cbioportal.orgLAB6
Hafta 1230 Kas – 6 Ara
Sunumlar ve LAB QUIZ 2 (Lab 4-6)
Presentations; LAB QUIZ 2 (Labs 4-6)
sunumLAB QUIZ 2Lab 4-6
Hafta 137–13 Ara
Sunumlar ve midterm 4-5 sınavı
Presentations; MIDTERM 4-5 (in class 100 mins)
sunummidterm 4-5100 dakika
Hafta 1414–20 Ara
Sınıf içi sunumlar
Presentations
sunum

Değerlendirme 100% · 4 adım

42%
24%
24%
10%
Midterm Midterm 42%
Final 1 Final 24%
Lab work 8 topics computer based labs (2 points for worksheet and 1 point for each quiz) 24%
In-class attendance in-class participation. 10%
en büyük tek kalem %42 · sınav ağırlığı %66 · 20 dönem ortalaması 3.30 (804 öğrenci) nasıl hesaplanıyor
Notunu hesapla
KalemAğırlık Notun (100 üzerinden)
Midterm%42
1 Final%24
8 topics computer based labs (2 points for worksheet and 1 point for each quiz)%24
in-class participation.%10
Bildiğin notları gir; girmediklerin hesaba katılmaz.

Ağırlıklar MBG 418 izlencesinden. Hocanın bu dönemki dağılımı farklı olabilir; bağlayıcı olan ders izlencesidir. Harf notu sınırlarını hoca belirliyor, o yüzden hedefi sen giriyorsun. İzlencede FZ şartı var, sayfanın sonundaki kutuda.

Önerilen kaynaklar 4 kitap

📖
Önerilen
Introduction to Genomics, Lesk, 4th edition
📕
Zorunlu
Weekly Lecture Notes, Ilyas Chachoua
📖
Önerilen
Bioinformatics and Functional Genomics, Pevsner
📖
Önerilen
Genomes 4

Bu dersi alınca · 11 öğrenme çıktısı

Bilkent'in resmî syllabus'ünden. Sağdaki etiket o çıktının hangi değerlendirmeyle ölçüldüğünü söylüyor.

Ders notları · henüz yok

MBG 418 için defter ekibi henüz not yazmadı.

İlk dosyayı sen atarsan: not, slayt, geçmiş sınav, çözüm, cheat-sheet, ne varsa. defter ekibi öğrenci paylaşımlarından bu dersin notlarını yazar. Drive linki / PDF / ZIP, hepsi olur.

← katalog

Geçmiş GPA dağılımı 20 dönem · ort. 3.30

DönemDers ort.
2025-2026 Spring 3.67 1 şube · 13 öğr
2024-2025 Spring 3.20 1 şube · 14 öğr
2023-2024 Spring 2.99 1 şube · 56 öğr
2022-2023 Spring 3.16 1 şube · 49 öğr
2021-2022 Spring 3.44 1 şube · 47 öğr
2020-2021 Spring 3.57 1 şube · 63 öğr
2019-2020 Spring 3.41 1 şube · 51 öğr
2019-2020 Fall 3.26 1 şube · 8 öğr
2018-2019 Spring 3.03 2 şube · 70 öğr
2017-2018 Spring 3.52 1 şube · 41 öğr

Dersin dönem ortalaması, o dönemin bütün şubeleri birlikte. Kaynak STARS'ın ders değerlendirme raporu. Rapor yalnız kampüs ağından ya da Bilkent VPN ile açılıyor: MBG 418 raporu · Bilkent VPN bilgisi. Öğrenci anket cevaplarını defter'de tutmuyoruz. Tüm derslerin ortalamaları →

2026-2027 Güz döneminde açılmadı. Ders kaydı geçti, kayıt sisteminde bu dersin şubesi yok. Katalogda duruyor, yani başka bir dönem açılabilir. Son 4 güz döneminde açılmamış; en son 2019-2020 güz döneminde açılmış. Açık dersler → · kayıt tarihleri

⚠️ FZ engelleyen şartlar

Students are expected to know basic R and/or Python, and fundamentals of programming and statistical data analysis.

Hocalar 0 bu dönem · 5 geçmiş

Geçmişte ders veren (5 kişi)
İlyas Chachoua, Özlen Konu Karakayalı, Ali Osmay Güre, Onur Emre Onat, M. Cengiz Yakıcıer

Bu ders 11 programın seçmeli havuzunda.

Restricted Elective Moleküler Biyoloji ve Genetik · havuzda 15 ders Mathematics/Science Elective Makine Mühendisliği · havuzda 88 ders ME Breadth Elective Makine Mühendisliği · havuzda 170 ders

ve 9 program daha.

Havuz listesi bölümün QME müfredatından; en küçük havuzlar önce yazılıyor, çünkü büyük "serbest seçmeli" havuzunda olmak dersi anlatmıyor. Seçmeli havuzunda olmak o dersi alabileceğin anlamına gelmez: ön koşul ve kontenjan ayrıca geçerli.

Aynı koddan diğer dersler · katalogda 46 MBG dersi · tüm MBG dersleri →